Làng Cù Huân được hình thành từ thời chúa Nguyễn Phúc Tần (1653), thuộc huyện Vĩnh Xương, phủ Diên Ninh, Dinh Thái Khang, về sau vào năm Gia Long thứ X (1812) chia tách thành hai làng là làng Cù Lao và làng Xương Huân (Hà Ra). Về cơ bản, hai làng này là tiền thân của phường Vĩnh Phước.
Trước tháng 8/1956, phường Vĩnh Phước nằm trong địa phận liên xã Vĩnh Hải, quận Vĩnh Xương bao gồm 9 làng: Cù Lao, Xương Huân, Xóm Cồn, Đường Đệ, Lương Sơn, Võ Tánh, Phú Xương, Thanh Hải, Đàm Vân. Ngày 28/8/1956, chính quyền Ngô Đình Diệm ra đạo dụ số 50 cải tổ hệ thống tổ chức chính quyền thôn xã ở tỉnh Khánh Hòa. Từ đây xã Vĩnh Phước ra đời với ba thôn: Cù Lao, Xương Huân, Nguyễn Trường Tộ, thuộc quận Vĩnh Xương.
Đến tháng 12/1975, phường Vĩnh Phước (cũ) tách thành hai phường Vĩnh Phước (mới) và phường Vĩnh Thọ. Từ đây, phường Vĩnh Phước gồm sáu khóm: Hà Ra, Hà Phước, Tháp Bà, Phương Mai, Trường Phúc, Hòn Chồng. Đến năm 1992, Vĩnh Phước thành lập thêm một khóm lấy tên là khóm Sơn Thủy. Đến năm 2001 tách thành 10 khóm: Hà Phước, Hà Ra 1, Hà Ra 2, Tháp Bà, Sơn Thủy, Phương Mai, Trường Phúc 1, Trường Phúc 2, Hòn Chồng 1, Hòn Chồng 2.
Năm 2006, Vĩnh Phước thành lập 25 tổ dân phố gồm: Tổ 1, 2, 3 Hà Phước; tổ 4, 5, 6, 7 Hà Ra; tổ 8, 9 Tháp Bà; tổ 10, 11, 12 Sơn Thủy; tổ 13, 14, 15 Phương Mai; tổ 16, 17, 18, 19, 20 Trường Phúc; tổ 21, 22, 23, 24, 25 Hòn Chồng.
Thực hiện Nghị quyết số 82-NQ/HĐND ngày 07/12/2023 của HĐND tỉnh Khánh Hòa về việc sáp nhập, đổi tên một số thôn, tổ dân phố trên địa bàn thành phố Nha Trang và thị xã Ninh Hòa; tháng 01/2024, phường Vĩnh Phước có 22 tổ dân phố gồm: Hà Phước, Hà Ra 1, Hà Ra 2, Hà Ra 3, tổ 8, 9 Tháp Bà; tổ 10, 11, 12 Sơn Thủy; tổ 13, 14, 15 Phương Mai; tổ 16, 17, 18, 19, 20 Trường Phúc; tổ 21, 22, 23, 24, 25 Hòn Chồng.
Đến tháng 10/2024, thực hiện Nghị quyết số 81-NQ/HĐND ngày 13/9/2024 của HĐND tỉnh Khánh Hòa về việc sáp nhập, đổi tên, giải thể một số thôn, tổ dân phố trên địa bàn thành phố Nha Trang và huyện Vạn Ninh; phường Vĩnh Phước có 13 tổ dân phố gồm: Hà Phước, Hà Ra 1, Hà Ra 2, Hà Ra 3, Tháp Bà, Sơn Thủy, Phương Mai, Trường Phúc 1, Trường Phúc 2, Trường Phúc 3, Hòn Chồng 1, Hòn Chồng 2 và Hòn Chồng 3./.